Başvuru Tarihleri: 1 – 20 Mart

(English version below)

1. Program Bilgileri

Eğitim Şekli: Online platformlar üzerinden, canlı
Eğitim Dili: Türkçe
Eğitmenler: Efe Elbeyli
Eğitim Süresi: 1 ay
Ders Günleri:

• Dersler her hafta Cumartesi günü gerçekleştirilecektir.
• Dersi kaçıran öğrenciler için ders kayıtları sağlanacaktır.

Kazanımlar

• Her öğrenci, eğitim sonunda kendi simülasyonunu tasarlayabilecek ve bu simülasyonun analizini yapmayı öğrenmiş olacak.
• AlphaFold kullanarak 3 boyutlu protein yapısı oluşturma yetkinliği kazanacaktır.
• Moleküler dinamik simülasyonlarının temel prensiplerini öğrenecek ve uygulamalı olarak deneyimleyecektir.
• Simülasyonlar üzerinden protein analizleri gerçekleştirme ve biyomoleküler süreçleri anlama becerisi kazanacaktır.
• GROMACS ile simülasyon yürütme, verileri analiz etme ve yorumlama konularında deneyim sahibi olacaktır.
• Proteinlerin mutasyon analizi ve stabilite değerlendirmesi gibi biyoinformatik uygulamaları öğrenecektir.

Kapasite ve Seçim

• Kurs kotası sınırlıdır; bu nedenle kayıtlar arasından bir seçim yapılacaktır.
• Seçildikten sonra 1950 TL’lik ödeme işlemi gerçekleştirilecektir.
• Katılamayanlar, bir sonraki eğitimde öncelikli olarak değerlendirilecektir.

2. Eğitim Programı

Modül 1: Moleküler Dinamik Temel Prensipleri

Modül 2: AlphaFold Kullanarak Protein Modelleme

Modül 3: Modelde Mutasyon Oluşturma

Modül 4: Gromacs Temelleri, Simülasyona Giriş

Modül 5: Simülasyonda Ekolazasyon, Üretim, Verimlilik

Modül 6: Simülasyonu Anlamak, Gromacs Analiz Araçları

---

Lütfen katılım koşullarını dikkatle okuyunuz ve aşağıdaki formu eksiksiz doldurunuz.

---

Molecular Dynamics Simulations Bootcamp

Application Dates: March 1–20

1. Program Information

Mode of Instruction: Live sessions via online platforms
Language: Turkish
Instructors: Efe Elbeyli
Duration: 1 month
Class Schedule:

• Classes will be held every Saturday.
• Recorded lectures will be available for students who miss a session.

Learning Outcomes

• By the end of the program, each student will be able to design their own simulation and learn how to analyze the results.
• They will gain proficiency in generating 3D protein structures using AlphaFold.
• They will learn the fundamental principles of molecular dynamics simulations and gain hands-on experience.
• They will acquire the ability to perform protein analyses through simulations and understand biomolecular processes.
• They will gain experience in running simulations using GROMACS, analyzing data, and interpreting results.
• They will learn bioinformatics applications such as mutation analysis and stability assessment of proteins.

Capacity & Selection

• The course has a limited quota; therefore, a selection will be made from the applicants.
• Once selected, participants will need to complete a payment of 1950 TL.
• Those who are not selected will be given priority in the next training program.

2. Training Program

Module 1: Fundamentals of Molecular Dynamics

Module 2: Protein Modeling with AlphaFold

Module 3: Introducing Mutations into the Model

Module 4: Basics of GROMACS & Introduction to Simulations

Module 5: Equilibration, Production & Efficiency in Simulations

Module 6: Understanding Simulations & GROMACS Analysis Tools

---

Please read the participation requirements carefully and complete the form below in full.

---